В списке сообщений хранятся сообщения только по последнему разобранному обменному файлу.
Список обновляется после каждого переразбора обменного файла. При открытии файла переразбор его содержимого осуществляется автоматически.
Если вы хотите обновить список сообщений по ранее открытому обменному файлу - сделайте его активным и нажмите кнопку переразобрать (меню Файл→Переразобрать)

Из контекстного меню доступны следующие действия:
"Показать в тексте": переходит на текст/ветку Xml дерева, в котором содержатся данные приведшие к появлению выбранного сообщения - ошибки или предупреждения
"Показать объект в списке": переходит на объект связанный с выбранным сообщением в списке объектов на информационной панели. Устанавливает активным файлом файл, по которому было сгенерировано выбранное сообщение.
"Показать место на рисунке": переходит на чертеже на место описанное в сообщении. Доступно только для сообщений содержащих информацию о геометрии - пересечения, самопересечения и т.п.
"Оставить только ошибки"/"Оставить только критические ошибки": убирает из списка все сообщения кроме ошибок (критических ошибок)
"Записать сообщения в файл": записывает все сообщения из списка.
"Очистить список сообщений": очищает список.