Під час аналізу файлу береться система координат вказана в обмінному файлі. Якщо в обмінному файлі не вказана система координат - береться система координат за замовчуванням для формату файлу, що відкривається (див. Налаштування→Параметри→Формати).

Переглянути яка система координат (далі - СК) встановлена ​​зараз для обмінного файлу можна, натиснувши праву кнопку миші на закладці обмінного файлу і вибравши "Встановити систему координат". У діалозі, що відкрився, ви побачите поточну СК обмінного файлу. У цьому діалозі ви можете змінити СК встановлену для обмінного файла (якщо з якихось причин прочитана чи розпізнана СК неправильна). Зауважимо, що якщо ви змінюєте СК через діалог "Встановити систему координат" - це не змінює значення координат, записані у файлі. Це лише змінює систему координат, у якій будуть оброблятися вказані в обмінному файлі координати.

Перевірити чи вірна вибрана для файлу СК найпростіше подивившись на зображення меж файлу накладене на растрові карти google - як правило, некоректно обрана система координат дає помилку більш ніж 100 км - це легко помітити на картах google. Виняток становлять лише СК42 та УСК2000. Різниця між координатами тієї самої точки відрізняються не більш ніж на 10м, а в середньому відрізняються на 2-3м. Це не завжди легко побачити при накладенні меж на космознімки чи карти.

Після того, як ми переконалися, що для файлу вибрано правильну систему координат, може виникнути необхідність перерахувати координати файлу в іншу систему координат. Для цього скористаємося командою "Згенерувати обмінний файл у форматі..." (Права кнопка миші на закладці обмінного файлу →"Згенерувати обмінний файл у форматі..." ) У діалозі можна не змінювати формат файлу, головне - відзначити галочку "Змінити систему координат" та вибрати необхідну систему координат. Після натискання кнопки "Ок" обмінний файл буде конвертовано у вибрану систему координат.

Трохи про УСК2000. Для коректної конвертації системи координат СК42, що базується на еліпсоїді Пулково40 (а це СК42, СК63 і всі старі локальні системи координат) в УСК2000 (а також всі УСК2000 - МСК) необхідно мати трансформаційне поле у ​​форматі Ntv2 (зазвичай файл з розширенням gsb). Якщо у вас є таке поле для вашого регіону – ви можете вказати його в налаштуваннях програми (див. Налаштування→Параметри→Загальні). Якщо файл не вказаний, використовується вбудоване в програму трансформаційне поле. Точність цього поля ~10см по відношенню до офіційного трансформаційного поля.