При разборе файла берется система координат указанная в обменном файле. Если в обменном файле не указана система координат - берется система координат по умолчанию для открываемого формата файла (см Настройки →Параметры→Форматы).

Посмотреть какая система координат (далее - СК) установлена сейчас для обменно��о файла можно нажав пр��вую кнопку мыши на закладке обменного файла и выбрав "Установить систему координат". В открывшемся диалоге вы увидите текущую СК обменного файла. В этом же диалоге вы можете поменять СК установленную для обменного файла (если по каким то причинам прочитанная или распознанная СК не верна). Заметим, что если вы меняете СК через диалог "Установить систему координат" - это не меняет значения координат записанные в файле. Это лишь меняет систему координат в которой будут обрабатываться указанные в обменном файле координаты.

Проверить верна ли выбранная для файла СК проще всего посмотрев на изображение границ файла наложенное на растровые карты google - как правило некорректно выбранная система координат дает ошибку более чем 100 км - это легко заметить на картах google. Исключение составляют только СК42 и УСК2000. Разница между координатами одной и той же точки отличаются не более чем на 10м, а в среднем отличаются на 2-3м. Это не всегда легко увидеть при наложении границ на космоснимки или карты.

После того как мы убедились, что для файла выбрана верная система координат, может возникнуть необходимость пересчитать координаты файла в другую систему координат. Для этого воспользуемся командой "Сгенерировать обменный файл в формате..." (Правая кнопка мыши на закладке обменного файла  ...→Сгенерировать обменный файл в формате... ) В открывшемся диалоге можно не менять формат файла, главное - отметить галочку "Изменить систему координат" и выбрать необходимую систему координат. После нажатия кнопки Ок обменный файл будет переформирован с использованием выбранной системы координат.

Немного про УСК2000. Для корректной конвертации системы координат базирующейся на эллипсоиде СК42 (а это СК42, СК63 и все старые локальные системы координат) в УСК2000 (а также все УСК2000 - МСК) необходимо иметь трансформационное поле в формате Ntv2 (обычно файл с расширением gsb). Если у вас есть такое поле для вашего региона - вы можете указать его в настройках программы (см Настройки→Параметры→Общие). Если файл не указан используется встроенное в программу трансформационное поле. Точность этого поля ~10см по отношению к официальному трансформационному полю.